داستان بازی دو ماه پس از وقایع Rise of the Tomb Raider جریان دارد و لارا این بار به سراغ سرزمین‌های آمریکای مرکزی و آمریکای جنوبی در شهر مخفی Paititi می‌رود تا ماجراجویی جدیدی را آغاز کند. او دوباره به جنگ با Trinity می‌رود و باید قبل از رسیدن Trinity مانع از وقوع آخرالزمان قوم مایا شود. نسخه‌ی سوم بازی، نقشه‌ی بزرگتری را نسبت به دو نسخه‌ی قبلی دارد و شهر مخفی Paititi اسرار زیادی را دربر دارد که گشت و گذار در محیط را لذت بخش و جذاب می‌کند. یکی از مواردی که در بخش داستان بازی مورد تمجید قرار گرفته است، شخصیت پردازی یک سری از شخصیت‌های داخل بازی و تعامل آن‌ها با یکدیگر است که به بهترین شکل ممکن در بازی پیاده‌سازی شده است.