داستان یک مدجای به نام بایک از سیوه و همسرش آیا را روایت می‌کند که در درگیری میان پنهان‌شدگان - پیشگامان اساسین‌ها - که برای صلح و سازش می‌جنگند و دستور باستانی‌ها - پیشگامان تمپلارها - که به دنبال صلح از راه زورچپانی فرقه هستند، قرار دارند. بخشی از داستان بازی در قرن بیست و یکم، با شخصیت نوی افزوده‌شده، لیلا حسن، قرار دارد. ریشه‌ها که یک جهان باز بزرگ دارد، عنصرهایی را از بازی‌های نقش‌آفرینی گرفته و در بازی یک سیستم مبارزه «مبتنی بر هیت‌باکس» گنجانده است.