داستان بازی Call of Duty Advanced Warfare از یک تراژدی آغاز می‌شود. جک میچل، سرباز جوان نیروی دریایی آمریکا، در یکی از اولین مأموریت‌های بازی در جنگی شدید در سئول، پایتخت کره جنوبی، بهترین دوست خود را از دست می‌دهد و خودش نیز دست چپش را در یک انفجار از دست می‌دهد. این شروع ناگوار، بستر احساسی داستان را فراهم می‌کند. پس از این حادثه، جک که دیگر امیدی به ادامه خدمت ندارد، پیشنهادی غیرمنتظره از جانب شرکت خصوصی نظامی Atlas Corporation دریافت می‌کند.