داستان این بازی The Last of Us Part II Remastered به‌طور مستقیم پس از وقایع نسخه اول آغاز می‌شود، جایی که جوئل و الی پس از فرار از بیمارستان فایرفلای‌ها به جکسون بازمی‌گردند. چهار سال از آن زمان گذشته و الی که اکنون نوزده سال دارد، با دوستانش در جامعه‌ای امن و محافظت‌شده زندگی می‌کند. اما آرامش او با اتفاقی تراژدیک به‌طور کامل از هم می‌پاشد. جوئل، کسی که برای الی نقش پدر را داشت، به‌شکلی وحشیانه توسط گروهی از افراد غریبه به قتل می‌رسد. رهبر این گروه، دختری به نام ابی است که انگیزه‌ای ناشناخته برای این قتل دارد. این اتفاق شوک‌آور و دردناک، الی را به مسیری از خشم و انتقام بی‌پایان می‌کشاند.