داستان بازی Sekiro Shadows Die Twice از جایی آغاز می‌شود که ما شخصیت اصلی، معروف به «گرگ یک‌دست» یا «سکیرو»، را می‌بینیم. او یک شینوبی وفادار است که وظیفه محافظت از وارثی مقدس به نام کودو، پسربچه‌ای مرموز با قدرتی خاص به نام خون اژدهایی را بر عهده دارد. این خون قدرت جاودانگی و احیای مجدد را فراهم می‌آورد. هنگامی که کودو توسط ژنرال آشینا، به نام گن‌ایچیرو، ربوده می‌شود، سکیرو زخمی شده، بازویش را از دست می‌دهد و در آستانه مرگ قرار می‌گیرد. اما به طور معجزه‌آسا توسط یک مجسمه‌ساز عجیب نجات می‌یابد که بازویی مصنوعی به نام Shinobi Prosthetic را به او می‌دهد. این پروتز مکانیکی نه تنها بازوی از دست رفته او را جبران می‌کند بلکه ابزارهای متعددی از جمله قلاب برای جابجایی، شعله‌افکن، تیر و امکانات دیگر را در اختیارش می‌گذارد.