داستان بازی Infamous Second Son چندین سال پس از وقایع نسخه قبلی شروع می‌شود، حال تمام کسانی که قدرت مافوق بشری دارند به عنوان بایو تروریست شناخته و همه آن‌ها از سوی دولت دستگیر و شکنجه می‌شوند. در این بین یک جوان سرکش و نا خلف به نام دلسین رو در بین یکی از درگیری‌ها به طور اتفاقی قدرت یکی از بایو تروریست‌ها را جذب و تبدیل به یکی از آن‌ها می‌شود.