داستان بازی Assassin's Creed Odyssey در دوران یونان باستان و در خلال جنگ پلوپونز (431 تا 404 قبل از میلاد) بین آتن و اسپارت اتفاق می‌افتد. بازیکنان نقش یک مزدور (الکسیوس یا کاساندرا) را بر عهده می‌گیرند که در این جنگ بین دو طرف درگیر است. داستان بازی همچنین به موضوعات خانوادگی، توطئه‌های پنهان و رویارویی با موجودات اسطوره‌ای می‌پردازد.