داستان بازی Rise of the Ronin در اواخر قرن نوزدهم و در دوران سقوط شوگان‌سالاری توکوگاوا روایت می‌شود؛ زمانی که ژاپن میان وفاداری به سنت‌ها و پذیرش عصر مدرن گرفتار شده است. در این دوره، دو جناح اصلی یعنی نیروهای وفادار به شوگان و جنبش امپراتوری‌گراها (که خواستار بازگشت قدرت به امپراتور هستند) درگیر جنگ‌های خونینی هستند. شما در نقش یک رونین (سامورایی بدون ارباب) قرار می‌گیرید که سرنوشتش به انتخاب‌های شما گره خورده است. شخصیت اصلی بازی از همان ابتدا آزادی عمل زیادی دارد و برخلاف بسیاری از عناوین دیگر، شما می‌توانید مسیر داستان را با تصمیم‌های خود شکل دهید. بازی سیستم انتخابی گسترده‌ای دارد که باعث می‌شود هر تصمیم تأثیر مستقیمی بر روابط، شخصیت‌ها و حتی سرنوشت ژاپن داشته باشد!