در NieR: Automata شاهد نبردی سخت و مرگبار بین ماشین ها (که توسط گروهی مهاجم از دنیای دیگر ساخته شده اند) و بازمانده های جوامع انسانی هستیم. داستان این بازی، مبارزات ربات آندروید combat android) 2B)، هم تیمی او ۹S و obsolete prototype) A2) را دنبال می کند. NieR: Automata همان تم آخرالزمانی و post-apocalyptic بازی NieR را با خود به همراه دارد و در واقع این عنوان در ادامه پایان پنجم بازی اصلی رخ می دهد و سازندگان برای بیان داستان NieR: Automata، پنجمین پایان بازی اصلی را انتخاب کرده اند و به عنوان مرجع قرار داده اند. در عین این که NieR: Automata همان اتمسفر تاریک و غمزده سری Drakengard و داستان گویی چند شاخه آن را دنبال می کند ولی هیچ گونه ارتباط داستان گویی مستقیمی بین NieR: Automata و هیچ عنوان دیگری در این سری وجود ندارد.