داستان بازی Ghost of Tsushima از سال ۱۲۷۴ میلادی آغاز می‌شود، زمانی که امپراتوری مغول به جزیره سوشیما، در نزدیکی ژاپن، حمله می‌کند. شما در نقش جین ساکای، یکی از آخرین سامورایی‌های زنده مانده از این حمله، باید وظیفه دفاع از سرزمین خود و مردمش را به عهده بگیرید.
این داستان که برگرفته از وقایع تاریخی واقعی است، ترکیبی از المان‌های افسانه‌ای و فرهنگی ژاپن است که به‌شکلی ماهرانه به بازی و روایت آن اضافه شده است. از این رو، تجربه داستان این بازی شما را عمیقاً در دنیای سامورایی‌ها فرو می‌برد.