داستان Injustice 2 حول محور بتمن و تلاش‌های او برای بازگرداندن امنیت و آرامش به جامعه پس از سقوط رژیم سوپرمن می‌چرخد؛ با این حال، ورود گروه جدید ابرشروران “The Society” و موجود فضایی “برینیاک” بتمن را مجبور می‌کند تا به فکر آزاد کردن سوپرمن زندانی بیفتد تا به او در مقابله با این تهدید بزرگ و خطرناک برای بشریت کمک کند. از این رو قهرمانان DC برای از بین بردن نقشه‌های پلید دشمنان و ایجاد صلح و آرامش بار دیگر با یکدیگر متحد می‌شوند و طی نبردهای حماسی به نابود کردن شخصیت‌های منفی خواهند پرداخت. بازی Injustice 2 درست مانند نسخه اصلی شامل بخش داستانی می‌شود که بازیکن طی فصل‌های مختلف آن را تجربه می‌کند. کاراکترهای مشهور دنیای DC مانند بتمن، سوپرمن، فلش، جوکر و غیره قابل انتخاب و بازی هستند.