یکی از نقاط قوت برجسته در Mortal Kombat XL داستان‌سرایی آن است. این نسخه، روایتگر جنگ بی‌پایان میان قلمروها است. پس از شکست شائو کان در نسخه‌های پیشین، حالا شیناک، یکی از بزرگ‌ترین دشمنان تاریخ Mortal Kombat، بازگشته تا زمین را به جهنمی بی‌پایان تبدیل کند. رِیدن و خدایان ارشد برای محافظت از قلمرو زمین بار دیگر وارد عمل می‌شوند، اما تهدیدی که این‌بار با آن روبه‌رو هستند، نه تنها شیناک بلکه ارتشی از افراد تسخیرشده توسط اوست.