داستان بازی Batman: Arkham City از جایی شروع می شود که بروس وین در حال سخنرانی در مورد آرخام و بستن آن است که ماموران Strange وی را دستگیر کرده و به آرخام می آورد و در مورد اجرا کردن Protocol 10 و تبدیل به قهرمان شدن سخن به میان می آورد و اینجا جایی است که کنترل بتمن در اختیار شماست و به نوعی بازی شروع می شود.