داستان Uncharted: The Lost Legacy چندین ماه پس از وقایع Uncharted 4: A Thief’s End اتفاق میافتد. این بار، بازیکنان در نقش کلویی فرازر (Chloe Frazer) ظاهر میشوند، یکی از شخصیتهای محبوب سری که به دنبال یافتن عاج گانشا (Tusk of Ganesh) در هندوستان است. کلویی با کمک نادین راس (Nadine Ross)، یکی از دشمنان پیشین ناتان دریک، به این سفر پرماجرا میپردازد.