داستان بازی دقیقاً بر اساس رویدادهای پایانی ناروتو شیپودن پیش می‌رود و وقایع جنگ بزرگ نینجاها را روایت می‌کند، جایی که تمامی ملت‌های نینجا با اتحاد در برابر تهدیدات عظیمی چون مادارا اوچیها، اوبیتو اوچیها و موجودات قدرتمند دم‌دار می‌ایستند. روایت بازی با استفاده از کات‌سین‌های چشمگیر و صحنه‌های اکشن پرشور، لحظه به لحظه هیجان را به اوج می‌رساند و بازیکن را به قلب نبردها و احساسات شخصیت‌ها می‌برد. در این مسیر، ما شاهد مبارزات نمادین و حماسی بین شخصیت‌هایی چون ناروتو و ساسکه، کاکاشی و اوبیتو، و همچنین نبردهای بزرگ علیه موجودات دم‌دار و باس‌های عظیم هستیم که هر کدام با دقت و جزئیات بی‌نظیری بازسازی شده‌اند. علاوه بر داستان اصلی، بازی امکان تجربه بخش‌های فرعی و مبارزات آزاد را نیز فراهم می‌کند که به بازیکن اجازه می‌دهد با هر شخصیت دلخواه وارد میدان شود و مهارت‌های مختلف را بیازماید.