یکی از نقاط قوت اصلی LEGO Marvel Super Heroes 2 داستان چندلایه و جذاب آن است. بازی با یک شروع انفجاری آغاز می‌شود؛ جایی که Kang the Conqueror، یکی از بزرگ‌ترین و بی‌رحم‌ترین دشمنان دنیای مارول، در نقش آنتاگونیست اصلی وارد میدان می‌شود. کانگ با توانایی کنترل زمان، شهرهای مختلف از خطوط زمانی متفاوت را می‌رباید و آن‌ها را در یک شهر عظیم به‌نام کرونوپلیس ترکیب می‌کند. شما در نقش گروهی از ابرقهرمانان مارول، از جمله مرد عنکبوتی، دکتر استرنج، ثور، و حتی نگهبانان کهکشان، باید با هم متحد شوید و این تهدید عظیم را متوقف کنید.